Comentario
Al norte del edificio, al otro lado de la iglesia, está situado el Palacio del Rey, comunicado con los aposentos privados del monarca, que se sitúan en el entorno del presbiterio de la basílica. El palacio real se articula en torno a un gran patio, simétrico al de los Evangelistas, dividido en tres partes por dos crujías ortogonales, donde se emplazan las salas de representación situadas en torno al Patio de los Mascarones, los servicios de la corte y la Sala de las Batallas. La ausencia de espacios de ostentación, propios de las construcciones palaciegas contemporáneas, convierten a esta zona del monasterio en un lugar de retiro espiritual del monarca, que permanece oculto para sus súbditos recluido en sus habitaciones privadas, comunicadas visualmente con el altar mayor de la basílica.
La Historia y las Ciencias Naturales fueron los temas favoritos utilizados por el rey para decorar su palacio de El Escorial. Si en El Pardo los temas mitológicos constituyeron la base del programa decorativo, en las estancias reales del monasterio fueron los temas naturalistas y la pintura de historia en los que se basó la decoración de los aposentos escurialenses. La Galería del Rey, donde el monarca paseaba al atardecer en compañía de los infantes, se decoró con numerosas pinturas de plantas y paisajes y un número aún mayor de mapas. Igualmente su antecámara poseía varios lienzos de la fauna y flora de Indias. Además de estos asuntos, el tema heroico está presente en la decoración de la Galería de la Reina donde un inmenso fresco que representa la Batalla de la Higueruela, obra de Nicolás Granello y Fabricio Castello, junto a la Batalla de San Quintín, y la Navegación del Marqués de Santa Cruz a la isla Tercera recuerdan los hechos bélicos más importantes de su reinado. Otros cuadros como la Adoración del Nombre de Jesús de El Greco o el retrato de Tiziano representando a Felipe II ofreciendo al cielo al príncipe don Femando, alegorías de la Victoria de Lepanto, completan la imagen heroica del rey defensor de la Religión Católica.
La zona occidental del monasterio se organiza mediante un sistema de patios -cuatro por unidad, separados por dos crujías ortogonales-que, a ambos lados del Patio de los Reyes, estructuran la zona conventual y la destinada a los estudios. En la clausura del Convento se disponen, entre otras dependencias, la iglesia de prestado, el refectorio y las cocinas y un interesante lucernario central, y los cuatro patios chicos articulados en alzado por tres pisos de arcadas sobre pilares, en respuesta a una tosca solución carente de orden arquitectónico, que contrasta por su austeridad con la solución serliana de los alzados del Patio de los Evangelistas. La última parte que se comenzó a construir fue la zona destinada a Colegio y Seminario, en la que sin problemas se duplicó la estructura del núcleo simétrico del convento, completando así la traza universal prevista por Juan Bautista de Toledo.